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2018年杭州市登革热流行病学及病原特征研究 认领
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作者 文艳苹 汪皓秋 +3 位作者 于新芬 张国忠 周银燕 钱昕 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期119-125,共7页
目的了解2018年杭州市登革热疫情的流行病学及病原特征。方法应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,并对阳性标本进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及进化分析;描述病例的时间、人群和地区分布特征。结果2018年杭州市... 目的了解2018年杭州市登革热疫情的流行病学及病原特征。方法应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,并对阳性标本进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及进化分析;描述病例的时间、人群和地区分布特征。结果2018年杭州市共检测登革热病例80例,其中输入性病例55例,本地病例25例(DENV-124例,DENV-31例)。本地病例集中在7月下旬—10月上旬,68%的病例年龄在50岁以上。E基因进化分析表明,本地病例余杭分离株、江干-上城分离株、钱塘新区分离株均属DENV-1基因Ⅰ型,分别与2015年印度尼西亚毒株、2017年缅甸毒株、2018年宁波毒株及2018年杭州的泰国输入性病例毒株最接近。另一DENV-3本地毒株为基因Ⅲ型,与2013年新加坡毒株同源性最高,核苷酸序列一致性为99.5%。结论杭州市登革热流行以输入性病例为主。输入病例引起本地暴发的风险较高,疫情呈多点输入引起多点小规模暴发的特点。 展开更多
关键词 登革热 登革病毒 E基因 进化分析
杭州市儿童埃可病毒IgM抗体检测结果 认领
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作者 邱晓枫 周银燕 +1 位作者 于新芬 寇宇 《预防医学》 2021年第2期168-169,173,共3页
目的分析杭州市儿童埃可病毒(ECHOV)IgM抗体检测结果,为防控ECHOV提供依据。方法通过杭州市乙脑网络实验室、重症手足口病疫情调查、麻疹网络实验室和人群免疫水平调查收集2010—2016年杭州市病毒性脑炎、不明原因发热及健康儿童的血清... 目的分析杭州市儿童埃可病毒(ECHOV)IgM抗体检测结果,为防控ECHOV提供依据。方法通过杭州市乙脑网络实验室、重症手足口病疫情调查、麻疹网络实验室和人群免疫水平调查收集2010—2016年杭州市病毒性脑炎、不明原因发热及健康儿童的血清和(或)脑脊液标本,采用酶联免疫吸附试验检测ECHOV IgM抗体,分析不同采样季节、年龄和性别儿童的ECHOV IgM抗体水平。结果共纳入506份标本,ECHOV IgM抗体阳性30份,阳性率为5.93%。病毒性脑炎、不明原因发热和健康儿童的ECHOV IgM抗体阳性率分别为14.44%、3.98%和4.17%,差异有统计学意义(P<0.05)。春、夏、秋和冬季儿童ECHOV IgM抗体阳性率分别为3.10%、12.65%、2.92%和1.35%,差异有统计学意义(P<0.05)。0~<4岁、4~<7岁和7~14岁儿童ECHOV IgM抗体阳性率分别为1.32%、10.95%和5.80%,差异有统计学意义(P<0.05)。男童和女童ECHOV IgM抗体阳性率分别为7.47%和4.00%,差异无统计学意义(P>0.05)。结论杭州市儿童ECHOV IgM抗体阳性率为5.93%,夏季和4~<7岁儿童ECHOV IgM抗体阳性率较高。 展开更多
关键词 埃可病毒 IGM抗体 病毒性脑炎 儿童
杭州地区2014—2019年乙型流感病毒HA和NA基因遗传进化分析 认领
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作者 钱昕 于新芬 +2 位作者 李钧 周银燕 文艳苹 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期523-529,共7页
目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10481例,用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒,同时选取部分乙型流感病毒... 目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10481例,用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒,同时选取部分乙型流感病毒阳性样本,用特异性引物扩增HA和NA基因,进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果发现自2014年以来,杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5~14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年,杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇,而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%~100.00%和97.13%~100.00%,并在多个抗原位点发生了改变,同时出现了重排株。结论乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年,杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排,流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况,但目前并未发现耐药株的出现和流行。 展开更多
关键词 乙型流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 遗传进化
杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例病毒全基因组序列测定及分析 认领
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作者 俞骅 王旭初 +7 位作者 李钧 钱昕 于新芬 孙昼 陈珺芳 考庆君 汪皓秋 潘劲草 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期486-490,共5页
目的:分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒全基因组序列特征。方法:采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国... 目的:分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒全基因组序列特征。方法:采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条(分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰)2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组,鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果:获得29833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列,覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明,该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近,相似性为96.11%;相较其他基因,E基因间相似性最高(99.56%),而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低(92.87%)。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对,相似性均大于99.9%,但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论:杭州首例感染2019-nCoV病例病毒基因组序列和来自国内外疫情早期病毒基因组高度近源。 展开更多
关键词 基因组 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎
临床细菌与H3N2流感病毒共感染特征及病毒血凝素裂解位点的变异研究 认领
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作者 于新芬 李钧 +2 位作者 钱昕 寇宇 潘劲草 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期359-364,共6页
目的了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12250份,实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本,采用实时荧光PCR的方法进行... 目的了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12250份,实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本,采用实时荧光PCR的方法进行金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和B型流感嗜血杆菌的检测,分析其临床感染特征。分离流感病毒,RT-PCR扩增病毒HA,测序,构建进化树,并分析裂解位点氨基酸变异特征。结果2013年以来,每年都有H3N2流感病毒的流行,H3N2在流感阳性病例中的占比为44.69%。随机选取2013—2018年间流感流行高峰的H3N2阳性病例样本295份,29.2%的病例存在临床细菌感染。对分离到的210株H3N2流感病毒进行HA裂解位点测序,68株存在变异,其中63株为K342R单氨基酸位点变异,裂解位点由PEKQTR转变为PERQTR。裂解位点未变异样本的细菌共感染率为31.25%(45/144),裂解位点变异样本的细菌感染率为23.53%(16/68),二者的差异没有统计学意义(χ2=1.34,P>0.05)。杭州地区流行的H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇,裂解位点发生K342R变异的病毒属于3C.3a进化簇。结论H3N2流感病毒在杭州地区的流感病毒流行中占据重要地位。流感阳性病例存在着一定程度的细菌共感染。裂解位点变异具有一定的地域流行特征,但与细菌共感染没有显著相关性。 展开更多
关键词 H3N2型流感病毒 细菌 共感染 HA裂解位点变异
2016-2018年杭州市健康人群风疹IgG抗体水平调查 认领
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作者 刘艳 许玉洋 +5 位作者 张学潮 袁寒艳 孙向珏 陈俊 于新芬 张小平 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2020年第5期517-520,共4页
目的评估2016-2018年杭州市健康人群风疹抗体水平。方法采用分层随机抽样方法选择杭州市11个年龄组健康人群,采用酶联免疫吸附试验检测血清风疹IgG抗体,分析抗体阳性率和几何平均浓度(GMC)。结果杭州市健康人群风疹IgG抗体总阳性率为80.... 目的评估2016-2018年杭州市健康人群风疹抗体水平。方法采用分层随机抽样方法选择杭州市11个年龄组健康人群,采用酶联免疫吸附试验检测血清风疹IgG抗体,分析抗体阳性率和几何平均浓度(GMC)。结果杭州市健康人群风疹IgG抗体总阳性率为80.42%(801/996),GMC为101.87IU/mL。各年龄组人群风疹IgG抗体阳性率在35.56%(<1岁组)-97.62%(2岁组)之间(χ^2=165.38,P<0.001),GMC在59.52IU/mL(15-19岁组)-210.92IU/mL(1岁组)之间(F=5.75,P<0.001)。在有含风疹成分疫苗(RCV)免疫史人群中,风疹IgG抗体阳性率、GMC分别从免疫后<1年的95.97%、203.42IU/mL下降到免疫后≥10年的85.71%、50.03IU/mL(χ^2=32.11,P<0.001;F=12.77,P<0.001)。结论杭州市健康人群总体风疹抗体水平较高,但随着随年龄增长或RCV免疫后时间延长而下降,需探讨成人风疹免疫策略。 展开更多
关键词 风疹 IGG抗体 健康人群
杭州市儿童腺病毒感染的流行病学与病原学特征 认领 被引量:1
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作者 谢立 杨旭辉 +2 位作者 王婧 孙昼 于新芬 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2019年第4期436-439,476共5页
目的了解杭州市儿童腺病毒(Adenovirus,Adv)感染流行病学和病原学特征。方法收集2011年6月-2014年5月杭州市儿童急性上呼吸道感染哨点监测病例和暴发疫情信息,采集病例标本进行Adv检测和基因型鉴定,描述性分析Adv感染特征。结果儿童急... 目的了解杭州市儿童腺病毒(Adenovirus,Adv)感染流行病学和病原学特征。方法收集2011年6月-2014年5月杭州市儿童急性上呼吸道感染哨点监测病例和暴发疫情信息,采集病例标本进行Adv检测和基因型鉴定,描述性分析Adv感染特征。结果儿童急性上呼吸道感染监测病例的Adv检出阳性率为8.53%(32/375),其中城区、农村分别为11.02%、3.85%(χ^2=5.60,P=0.02),男、女性分别为7.17%、9.87%(χ^2=0.71,P=0.40),0-3、4-7、8-11、12-14岁分别为6.54%、13.56%、15.62%、11.11%(χ^2=4.43,P=0.22)。Adv感染临床表现包括急性咽喉炎、咽结膜热、急性呼吸道感染、肺炎等。共报告6起Adv感染暴发疫情,包括Adv-Ⅱ型5起、Adv-Ⅱ型1起;其中2起Adv-III型暴发中20株毒株与GenBank中Adv-III型毒株hexcon基因的核苷酸同源性为98.7%-100%。结论Adv为杭州市儿童急性上呼吸道感染的重要致病原,以Adv-III型为主。建议加强儿童Adv感染流行病学和病原学监测、暴发疫情控制以及Adv疫苗的研发。 展开更多
关键词 腺病毒 哨点监测 暴发 基因型
2012—2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒HA和NA基因遗传进化分析 认领 被引量:5
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作者 钱昕 于新芬 +4 位作者 李钧 寇宇 周银燕 文艳苹 王旭初 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期18-23,共6页
目的了解2012—2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒的流行情况以及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征。方法收集2012年1月至2017年12月间杭州地区流感样病例12185例,实时RT-PCR检测甲型H3N2流感病毒,同时选取部分甲型H3N2... 目的了解2012—2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒的流行情况以及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征。方法收集2012年1月至2017年12月间杭州地区流感样病例12185例,实时RT-PCR检测甲型H3N2流感病毒,同时选取部分甲型H3N2流感病毒阳性样本,用特异性引物扩增HA和NA基因,进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果自2012年以来,杭州地区每年都有甲型H3N2流感病毒的流行。不同年龄段人群发病率存在统计学差异,趋势性卡方检验发现,随着年龄增长,发病率显著提高(Z=81.039,P<0.05)。2012年以来,杭州地区流行的甲型H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇。HA和NA基因的序列一致性均为96.7%~100%,但在多个抗原位点发生了突变。结论甲型H3N2流感病毒在杭州地区流感流行中具有重要地位。2012—2017年,杭州地区甲型H3N2流感病毒抗原变异明显,但目前并未发现耐药株的出现和流行。 展开更多
关键词 甲型H3N2流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 遗传进化
杭州市儿童急性呼吸道Saffold心病毒感染的临床特征及流行病学分析 认领 被引量:3
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作者 于新芬 潘劲草 +4 位作者 杨旭辉 刘小东 寇宇 李钧 周银燕 《中华临床感染病杂志》 2018年第2期96-101,共6页
目的 了解杭州地区Saffold心病毒(SAFV)在急性呼吸道感染(ARI)患儿中的临床特征和流行病学特征.方法 收集2011年3月至2014年2月浙江大学医学院附属儿童医院呼吸道门诊和住院病例共1060例.其中门诊病例采集咽拭子256份,住院病例采集... 目的 了解杭州地区Saffold心病毒(SAFV)在急性呼吸道感染(ARI)患儿中的临床特征和流行病学特征.方法 收集2011年3月至2014年2月浙江大学医学院附属儿童医院呼吸道门诊和住院病例共1060例.其中门诊病例采集咽拭子256份,住院病例采集气管吸取物804份.实时荧光PCR扩增SAFV的5'UTR基因片段.采用SPSS 17.0软件分析检测结果和临床资料.结果ARI门诊患儿和住院患儿样本中SAFV的检出率分别是2.3%(6/256)和13.2%(106/804),两者相比差异具有统计学意义(χ^2=24.147,P〈0.01).住院病例中,〈1岁、1~〈3岁、3~〈6岁和6~12岁患儿阳性检出率分别为14.0%、11.2%、11.1%和8.3%,各年龄组间相比,差异无统计学意义(χ^2=1.845,P〉0.05);男性和女性患儿 SAFV 检出率分别为12.7%和17.7%(χ^2=0.279,P 〉0.05);按季节划分,SAFV检出率最高的是秋季(21.2%),其次是春季(14.6%),冬季(9.5%)和夏季(8.8%)检出率相对较低(χ^2=15.625,P〈0.01).106例SAFV阳性住院患儿中,81例存在合并感染,合并感染率为76.4%.6例门诊病例中,4例存在合并感染,合并感染率为66.7%.住院病例中,与SAFV合并感染率最高的是呼吸道合胞病毒(36.8%),其次为鼻病毒(27.4%)、偏肺病毒(10.4%)和副流感病毒(10.4%).ARI患儿中,SAFV阳性病例的发热率低于SAFV阴性病例(χ^2=4.069,P〈0.05).结论 杭州地区ARI住院患儿中SAFV的检出率显著高于门诊患儿,SAFV感染均以合并感染为主.SAFV在杭州地区的流行呈现一定地方流行模式. 展开更多
关键词 心病毒属 Saffold心病毒 呼吸病毒感染 流行特征
儿童急性呼吸道感染病原学特征分析 认领 被引量:20
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作者 于新芬 寇宇 +4 位作者 周银燕 李钧 钱昕 杨旭辉 潘劲草 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2018年第2期160-165,共6页
目的了解门诊和住院儿童急性呼吸道感染病例中呼吸道病毒和肺炎支原体、衣原体的流行特征,为防控急性呼吸道感染、指导临床用药奠定基础。方法采集2011—2013年杭州某儿童医院呼吸道门诊病例咽拭子、住院病例气管吸取物。采用实时荧光... 目的了解门诊和住院儿童急性呼吸道感染病例中呼吸道病毒和肺炎支原体、衣原体的流行特征,为防控急性呼吸道感染、指导临床用药奠定基础。方法采集2011—2013年杭州某儿童医院呼吸道门诊病例咽拭子、住院病例气管吸取物。采用实时荧光PCR方法,对收集到的样本进行呼吸道病毒和肺炎支原体、衣原体的核酸检测。结果本研究908例病例中,610例检出至少1种病原体,总的病原体检出率为67.2%(610/908),住院患儿检出率(76.7%)显著高于门诊患儿(43.0%)(χ^2=94.79,P〈0.001)。206例检出2种或2种以上病原体,住院患儿合并感染率(29.0%)高于门诊患儿(6.6%)(χ2=52.34,P〈0.001)。呼吸道合胞病毒、副流感病毒、鼻病毒、流感病毒、博卡病毒、腺病毒、saffold心肌炎病毒及肺炎支原体、衣原体在两组病例间检出率的差异均有统计学意义。住院病例中,检出率最高的是呼吸道合胞病毒(34.5%),其次是肺炎支原体(15.0%)、鼻病毒(14.6%);门诊病例中,检出率最高的是腺病毒(15.2%),其次是流感病毒(11.7%)、副流感病毒(7.8%)。住院病例中除了呼吸道合胞病毒和流感病毒外,其他病原合并感染率均大于其单一感染率。腺病毒在门诊和住院病例中的合并感染率差异具有统计学意义(χ^2=18.90,P〈0.001)。未发现住院病例单一感染与合并感染临床特征的显著性差异。结论住院病例呼吸道病原体的检出率较门诊病例高,多种病原体合并感染在住院病例中较常见,提示合并感染和疾病的严重程度有一定相关性。 展开更多
关键词 儿童 急性呼吸道感染 门诊病例 住院病例 合并感染
杭州地区严重急性呼吸道感染住院患儿人博卡病毒感染的流行病学特征及其遗传进化研究 认领 被引量:1
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作者 周银燕 杨旭辉 +3 位作者 于新芬 寇宇 李钧 钱昕 《中华临床感染病杂志》 2017年第6期414-420,共7页
目的 对杭州地区严重急性呼吸道感染(SARI)住院患儿人博卡病毒(HBoV)感染的流行病学特征及其遗传进化进行研究.方法 连续收集2011年1月至2014年12月浙江大学医学院附属儿童医院SARI住院患儿病例样本共1388份,采用荧光定量PCR进行HB... 目的 对杭州地区严重急性呼吸道感染(SARI)住院患儿人博卡病毒(HBoV)感染的流行病学特征及其遗传进化进行研究.方法 连续收集2011年1月至2014年12月浙江大学医学院附属儿童医院SARI住院患儿病例样本共1388份,采用荧光定量PCR进行HBoV1~4及其他常见呼吸道病原体检测,采用普通PCR对HBoV1阳性样本进行VP1全基因扩增和测序,所得序列采用Clustal X和MEGA 6.0软件进行分析.采用χ2检验和Fisher确切概率法进行数据统计分析.结果1388份SARI住院患儿样本中,共检出HBoV阳性85份,阳性检出率为6.12%,其中83份(97.65%)阳性样本为HBoV1,2份(2.35%)阳性样本为HBoV2.男性和女性患儿HBoV阳性检出率分别为6.54%和5.35%(χ2=0.780,P〉0.05).各年龄段HBoV阳性检出率比较,差异具有统计学意义(χ2=47.446,P〈0.01).〉6个月~1岁年龄段HBoV阳性检出率最高,为12.84%,〉3岁年龄段检出率最低,仅1.64%,≤6个月和〉1~3岁年龄段HBoV阳性检出率相当,为3.04%和3.33%.按季节划分,HBoV检出率最高的是夏季(14.97%),其次是秋季(7.14%),春季(3.19%)和冬季(1.97%)检出率较低(χ2=58.807,P〈0.01).HBoV在2011至2014年各年的检出率分别为7.39%、7.31%、5.58%和4.72%(χ2=3.447,P〉0.05).合并其他呼吸道病原体感染率为62.35%,主要病原体为人鼻病毒(33.96%)、副流感病毒(28.30%)和呼吸道合胞病毒(20.75%)等.HBoV感染阳性患儿中气促和喘鸣的比例均高于阴性患儿(χ2=15.161和13.914,P值均〈0.01).VP1基因序列分析发现,44株与瑞典株ST2属于同一分支,另2株毒株HZ12-S32和HZ12-S199单独成一分支.结论 HBoV是杭州地区SARI住院患儿中的重要病原体,与其他呼吸道病原体有较高的合并感染. 大部分毒株与瑞典株ST2属同一分支,HZ12-S32和HZ12-S199两株毒株进化关系较远,单独成一新的分支. 展开更多
关键词 人博卡病毒 严重急性呼吸道感染 流行病学 遗传进化
2013-2014年杭州地区季节性A(H3N2)流感病毒PB1基因及其编码蛋白的遗传进化特征研究 认领 被引量:1
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作者 岑斌 汪皓秋 +4 位作者 于新芬 寇宇 周银燕 钱昕 李钧 《中国预防医学杂志》 CAS CSCD 2017年第3期161-167,共7页
目的分析2013-2014年杭州市季节性A(H3N2)流感病毒PB1基因及其编码蛋白的变异情况,揭示其分子特征与遗传进化趋势。方法对分离得到的78株流感病毒PB1基因进行扩增和测序,采用序列多重比对、突变位点比较分析和构建进化树等方法进行遗... 目的分析2013-2014年杭州市季节性A(H3N2)流感病毒PB1基因及其编码蛋白的变异情况,揭示其分子特征与遗传进化趋势。方法对分离得到的78株流感病毒PB1基因进行扩增和测序,采用序列多重比对、突变位点比较分析和构建进化树等方法进行遗传进化分析。结果 78株流感病毒PB1基因的核苷酸序列和编码蛋白序列一致性分别为97.89%~100.00%和99.08%~100.00%,PB1-F2蛋白短肽的序列一致性为44.44%~100.00%;PB1蛋白氨基酸序列与参考株A/Texas/50/2012相比,在十多个位点均发生了氨基酸突变,其中V212M、R215K、E331D、A374S氨基酸突变频率较高;PB1-F2蛋白长度分析发现了5种不同的PB1-F2蛋白,其中3种为全长蛋白(90、87、79)aa,2种为截断型PB1-F2蛋白(52,24)aa;构建系统进化树发现78株H3N2毒株PB1基因及其编码蛋白均在同一个支系上,与同期流行季的疫苗株进化关系较近,第三个流行高峰(2014年6~10月)进化关系相对更集中。结论 2013-2014年季节性A(H3N2)流感病毒PB1蛋白氨基酸位点发生了部分重要突变,病毒PB1基因及其编码蛋白的遗传进化以及截断型PB1-F2蛋白的集中出现,可能促使病毒的复制能力和毒力发生变化,并最终导致其流行传播趋势的改变。 展开更多
关键词 A(H3N2)流感病毒 PB1 PB1-F2 遗传进化
2015年杭州地区3C系甲型H3N2流感病毒的流行及血凝素基因特征研究 认领 被引量:3
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作者 李琳 李钧 +4 位作者 郑之北 于新芬 寇宇 周银燕 陈琦 《中国预防医学杂志》 CAS CSCD 2017年第1期1-5,共5页
目的对2015年1-9月季节性甲型H3N2流感病毒的血凝素(HA)基因变异情况进行遗传进化特征及抗原漂变趋势进行分析,旨在发现流感疫苗对目前H3N2流感病毒是否完全适用。方法对该时间段内的病毒流行情况进行统计分析,并对随机选择的49株代... 目的对2015年1-9月季节性甲型H3N2流感病毒的血凝素(HA)基因变异情况进行遗传进化特征及抗原漂变趋势进行分析,旨在发现流感疫苗对目前H3N2流感病毒是否完全适用。方法对该时间段内的病毒流行情况进行统计分析,并对随机选择的49株代表性流行毒株进行HA基因序列的测定和分析。结果季节性H3N2亚型3C系是当地的流行优势株,其支系正在从3C.3a向3C.2a逐步转变。流行株的更替和病毒株的抗原漂变使得现用疫苗的免疫效果不断下降。正在流行的3C.2a支系流行株比例升高,其对于当前疫苗株的免疫效果可能不佳。结论本研究提示免疫策略急需调整,结果对指导下个流行季季节性H3N2流感病毒流行的防控具有参考价值。 展开更多
关键词 流感病毒 血凝素 H3N2亚型 抗原漂变
埃可病毒9型荧光RT-PCR快速检测方法的建立及应用 认领 被引量:2
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作者 邱晓枫 张国忠 +2 位作者 黄志成 潘劲草 于新芬 《病毒学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期836-841,共6页
为了建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法用于检测埃可病毒9型病毒核酸,并初步应用于埃可病毒9型的临床标本检测。根据GenBank登录的埃可病毒9型毒株VP1基因序列,应用生物学软件进行序列比对,在保守区设计特异性引物和TaqMan探针... 为了建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法用于检测埃可病毒9型病毒核酸,并初步应用于埃可病毒9型的临床标本检测。根据GenBank登录的埃可病毒9型毒株VP1基因序列,应用生物学软件进行序列比对,在保守区设计特异性引物和TaqMan探针。对反应条件进行优化,验证方法的特异性、灵敏度和重复性,同时对疑似埃可病毒9型病例标本进行检测。该方法对埃可病毒9型的检出有高度特异性,与EV71、CA16、CA24v、CA6、CA10、埃可病毒30型等均无交叉反应,检测灵敏度均达0.1TCID50/mL,可从疑似埃可病例粪便标本中直接检测病毒核酸,检测仅需3~4h。本研究建立的埃可病毒9型TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法特异、灵敏,适用于临床早期诊断。 展开更多
关键词 埃可病毒9型(ECHO-9) 荧光定量RT-PCR TAQMAN探针
杭州市急性呼吸道感染婴幼儿中副流感病毒3型遗传进化及其感染特征研究 认领 被引量:7
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作者 钱昕 于新芬 +3 位作者 赵敏 寇宇 李钧 周银燕 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期255-260,共6页
目的分析杭州市婴幼儿中副流感病毒3型(HPIV-3)的遗传进化及其感染与合并感染情况。方法收集2009年12月至2013年3月杭州地区医院0—11岁婴幼儿急性呼吸道感染病例咽拭子或呼吸道吸出物样本,共856份(男性553例,女性303例)。采用逆... 目的分析杭州市婴幼儿中副流感病毒3型(HPIV-3)的遗传进化及其感染与合并感染情况。方法收集2009年12月至2013年3月杭州地区医院0—11岁婴幼儿急性呼吸道感染病例咽拭子或呼吸道吸出物样本,共856份(男性553例,女性303例)。采用逆转录荧光定量PCR(qRT.PER)法检测HPIV-3,阳性样本用特异性引物扩增HN基因进行基因测序,将测序所得序列用ClustalX2.0软件进行比对,然后使用MEGA6.0软件,采用邻接法建立系统进化树。同时,用qRT-PCR法检测与其他呼吸道病原体的合并感染情况。采用x2检验比较不同特征患儿单一感染与合并感染情况。结果856例患儿中,HPIV-3阳性84例(9.6%)。男性患儿HPIV-3感染阳性率为10.0%(55/553),女性患儿阳性率为9.6%(29/303)(x2=0.03,P=0.860)。84例HPIV.3阳性病例的合并感染率为49%(41例),其中与鼻病毒合并感染检出率较高,为41%(17例);1岁以下患儿的合并感染率为54%(36/67),高于单一感染率【46%(31/67)](X2=4.78,P=0.029);单一感染患儿伴有肺炎症状占93%(37/40),高于合并感染组【76%(29/38)](x2=3.92,P=0.048)。同源性分析结果显示,56例患儿HPIV.3的HN基因编码区核苷酸和氨基酸序列一致性均较高,一致性分别为96.9%~100.0%和98.6%.100%。基于HN基因的进化树分析表明,杭州株均归属于c3亚群。结论杭州市婴幼儿的急性呼吸道感染与HPIV-3有关;HPIV-3HN基因型变异较小,但进化具有一定地域特征;与其他呼吸道病毒的合并感染率较高。 展开更多
关键词 副流感病毒3型 感染 遗传
儿童急性呼吸道感染病例样本中腺病毒感染特征及遗传进化研究 认领 被引量:4
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作者 周银燕 于新芬 +2 位作者 寇宇 李钧 钱昕 《中华临床感染病杂志》 2016年第1期24-31,共8页
目的:对不同类型的儿童急性呼吸道感染病例的呼吸道样本中腺病毒的感染及其遗传进化特征进行研究。方法收集2011年3月至2013年2月浙江大学医学院附属儿童医院散发急性呼吸道感染病例样本1178份,其中上呼吸道感染病例咽拭子513份,下... 目的:对不同类型的儿童急性呼吸道感染病例的呼吸道样本中腺病毒的感染及其遗传进化特征进行研究。方法收集2011年3月至2013年2月浙江大学医学院附属儿童医院散发急性呼吸道感染病例样本1178份,其中上呼吸道感染病例咽拭子513份,下呼吸道感染病例气管吸取物665份;同时收集2011至2014年9起腺病毒聚集性发病病例。采用荧光聚合酶链式反应( PCR )进行腺病毒检测,扩增阳性样本的六联体(hexon)基因高可变(HVR)7区并测序,鉴定腺病毒基因型别并构建系统进化树。采用荧光PCR对腺病毒阳性样本进行其他常见呼吸道病毒的检测,并对下呼吸道感染阳性病例进行临床特征分析。采用χ2检验和Fisher确切概率法进行数据统计分析。结果1178份散发病例样本中共检出104份腺病毒,检出率为8.83%,其中上呼吸道感染组腺病毒检出率为13.65%(70/513),高于下呼吸道感染组检出率(34/665,5.11%),差异具有统计学意义(χ2=26.193,P<0.05),且在0~1岁和>3岁年龄组腺病毒检出率上呼吸道高于下呼吸道(χ2=6.575和7.334,P<0.05或<0.01)。腺病毒散发病例全年均有检出,流行高峰为春夏季。所有散发病例样本中54份鉴定出腺病毒型别,其中1型4株,2型6株,3型26株,4型2株,7型15株,31型1株。在9起聚集性发病疫情中,1起为腺病毒4型,其余8起均为腺病毒3型。腺病毒 hexon基因HVR 7区高度同源,与Genbank中序列比对发现高可变7区基因序列具有一定的地域性。上呼吸道感染组腺病毒合并其他病毒的感染率为12.86%(9/70),下呼吸道为58.82%(20/34),差异具有统计学意义(χ2=24.045,P<0.05)。此外,下呼吸道腺病毒单一感染和合并感染病例在临床特征上差异没有统计学意义(P>0.05),但合并感染病例中出现2例死亡。结论� 展开更多
关键词 腺病毒 呼吸道感染 儿童 合并感染 基因型
儿童呼吸道感染标本人偏肺病毒的分子检测与分型 认领 被引量:1
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作者 寇宇 于新芬 +7 位作者 李钧 杨旭辉 周银燕 潘劲草 谢立 孙昼 濮小英 陈树昶 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2016年第2期161-165,共5页
目的 了解儿科门诊流感样病例和住院严重急性呼吸道感染病例中人偏肺病毒(hMPV)感染状况、病毒基因特征.方法 选取2011-2013年杭州地区哨点医院,儿科呼吸道门诊、住院病例共2 593例,流感样病例采集咽拭子1 676份,住院重急性呼吸道感... 目的 了解儿科门诊流感样病例和住院严重急性呼吸道感染病例中人偏肺病毒(hMPV)感染状况、病毒基因特征.方法 选取2011-2013年杭州地区哨点医院,儿科呼吸道门诊、住院病例共2 593例,流感样病例采集咽拭子1 676份,住院重急性呼吸道感染病例采集气管吸取物917份.用实时荧光RT-PCR方法检测hMPV核酸,阳性样本用RT-PCR方法对hMPV融合蛋白(F)基因片段扩增、序列与基因分型.实验结果作描述性统计和样本率的卡方检验.结果 门诊检出率6.62%(111/1 676),住院检出率6.32(58/917),检出率差异无统计学意义(x2=0.086,P=0.769).门诊与住院hMPV性别检出率差异无统计学意义.<1岁组住院患儿检出率(6.33%,43/679)高于门诊(2.79%,19/681),差异有统计学意义(x2=9.808,P=0.002).hMPV阳性患儿平均年龄门诊(31.33±18.50月)>住院(10.41±8.28月).冬季门诊检出率13.56%(59/435)高于住院8.06%(20/248),差异有统计学意义(x2=4.669,P=0.031).hMPV共感染检出率住院(31.04%,19/58)高于门诊(18.01%,20/111),差异有统计学意义(x2 =4.663,P=0.031).门诊和住院hMPV均以A2亚型最多,不同基因型的临床特征不明显.结论 门诊与住院hMPV感染率无差异,hMPV阳性患儿平均年龄门诊大于住院,冬季hMPV检出率门诊高于住院,门诊与住院hMPV共感染主要病原不同,研究期间门诊与住院基因型均以A2为主. 展开更多
关键词 人偏肺病毒 儿童 流感样病例 住院严重急性呼吸道感染病例 分子分型
杭州地区2009-2014年间人博卡病毒Ⅰ型的全基因组序列测定及遗传进化分析 认领
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作者 周银燕 李钧 +2 位作者 于新芬 寇宇 钱昕 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期401-406,共6页
目的调查杭州地区2009--2014年问人博卡病毒1型(humanbocavirus1,HBoV1)全基因组序列的遗传变异和分子进化特征。方法采集2009--2014年间浙江大学医学院附属儿童医院急性呼吸道感染患儿咽拭子标本,采用实时荧光PCR检测HBoV1,最终挑... 目的调查杭州地区2009--2014年问人博卡病毒1型(humanbocavirus1,HBoV1)全基因组序列的遗传变异和分子进化特征。方法采集2009--2014年间浙江大学医学院附属儿童医院急性呼吸道感染患儿咽拭子标本,采用实时荧光PCR检测HBoV1,最终挑选15株病毒载量高的阳性样本进行全基因组扩增和测序。测序结果上传至GenBank,利用生物信息学软件分析序列。结果15株HBoV1病毒全基因组序列共检测到48个核苷酸突变,最终导致11个氨基酸变化,其中5个位点处于磷脂酶(PLA2)活性区。基于全基因组编码序列的进化分析表明HBoV1可以分为3个分支,本研究的15株病毒全部属于分支1,与瑞典代表株ST2属于同一簇。另外,进化树构建结果表明VP1/VP2基因可以替代全基因编码序列来构建HBoV1的进化树。HBoV1全基因组序列的进化速率为每年3.03×10-4(95%HPD,2.14×10-4~3.92×10-4)突变点/位点,对于单个基因,NS1的进化速率最慢,而NP1的进化速率最快。HBoV1四个基因的选择压力ω值部小于1,表明所有基因都处于纯化选择下,其中VP2的纯化选择压力最强,而NP1的纯化选择压力最弱。结论杭州地区2009—2014年间流行的HBoV1均属于ST2基因型,PLA2活性区变异率相对较高。全基因组序列虽然保守,但进化速率很快,其中NP1基因进化速率最快。4个基因均处于纯化选择压力下,其中VP2基因的纯化选择压力最强。 展开更多
关键词 人博卡病毒 呼吸道感染 全基因组 分子进化
2009~2013年杭州地区甲型流感病毒基质蛋白基因的遗传进化分析 认领 被引量:2
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作者 邵铁娟 李钧 +4 位作者 濮小英 于新芬 寇宇 周银燕 钱昕 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期145-151,共7页
为调查2009年至2013年杭州地区甲型流感病毒基质蛋白基因(Matrix protein,M)的遗传进化特征,本文对5个连续的流行季中A(H1N1)pdm09亚型和季节性A(H3N2)亚型流行株的M基因序列进行了深入的研究分析。从两家当地三级甲等医院发热门... 为调查2009年至2013年杭州地区甲型流感病毒基质蛋白基因(Matrix protein,M)的遗传进化特征,本文对5个连续的流行季中A(H1N1)pdm09亚型和季节性A(H3N2)亚型流行株的M基因序列进行了深入的研究分析。从两家当地三级甲等医院发热门诊室共收集5675份流感样病例样本。利用病毒分离与实时荧光定量PCR法对样本内所含病毒进行鉴定,发现流感病毒阳性率为20.46%,其中甲型流感病毒872株。从5个流行季的9个时间段内,随机选取了76株甲型流感病毒进行M基因全序列测定和遗传进化分析。研究发现,杭州地区甲型流感病毒烷胺类耐药相关位点M2蛋白的S31N突变率接近100%。两株A(H1N1)pdm09本地流行株还发生了V27A/S31N或V27I/S31N双位点耐药突变。另外,在一株季节性A(H3N2)亚型流行株上还观察到R45H/S31N双位点耐药突变。基于M基因序列进行系统发育分析发现,无论是病毒亚型间还是各流行季间,M基因进化速率明显低于血凝素蛋白基因(Haemagglutinin,HA)和神经胺酸酶蛋白基因(Neuraminidase,NA)。对M1和M2蛋白的变异进行正向选择压力分析发现,M2蛋白的编码区所受到的选择压力要远远高于M1蛋白,且A(H1N1)pdm09亚型流行株所受到的选择压力要高于季节性A(H3N2)亚型。甲型流感病毒M基因的遗传进化研究对判断病毒的进化方向、预防和控制病毒的暴发流行具有重要的参考价值。 展开更多
关键词 甲型流感病毒 基质蛋白 进化 突变
杭州市急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒感染的流行病学及基因特征分析 认领 被引量:1
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作者 文艳苹 于新芬 +3 位作者 周银燕 寇宇 郑伟 郑之北 《疾病监测》 CAS 2015年第2期103-107,共5页
目的了解杭州市急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒(WU polyomavirus,WUPy V)流行特征和基因型别。方法收集2011年3月至2013年6月间至浙江省儿童医院就诊的急性呼吸道感染患儿的鼻咽吸取物,用聚合酶链反应(PCR)法扩增VP2编码基因和VP2/... 目的了解杭州市急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒(WU polyomavirus,WUPy V)流行特征和基因型别。方法收集2011年3月至2013年6月间至浙江省儿童医院就诊的急性呼吸道感染患儿的鼻咽吸取物,用聚合酶链反应(PCR)法扩增VP2编码基因和VP2/1中间序列,测序后进行分型。选取代表性病毒株进行基因组测序。结果收集的722份标本中,10份为WUPy V阳性,检出率为1.4%。WUPy V感染主要发生在夏季、秋季和冬季。患儿平均年龄为13.6月龄,男女性别比为9∶1,性别差异无统计学意义(P=0.09)。WUPy V感染所致疾病为肺炎、喉炎和细支气管炎。WUPy V基因型别为Ⅰa型。代表性毒株HZ13024的基因组大小为5229 bp,与Gen Bank中WUPy V基因组序列相似性为99.8%~99.9%。结论杭州市儿童急性呼吸系统疾病中存在WUPy V感染,感染率较我国其他地区低,基因型别为Ⅰa型。 展开更多
关键词 WU多瘤病毒 流行病学 基因分型
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